Jak informuje „Gazeta Wyborcza”, warszawscy urzędnicy zarzucają Szkole w Chmurze nieprawidłowe wydatkowanie dotacji oświatowej. Ich zdaniem placówka przepłacała za platformę internetową, z której korzystają uczniowie uczący się w trybie edukacji domowej. Sprawą zainteresowała się już Najwyższa Izba Kontroli, która w 2026 r. ma przeprowadzić ogólnopolską kontrolę finansowania tego modelu nauczania.